熊廷弼到任后，先是独自去安抚了人心已乱的沈阳，接着斩了逃将刘遇节、王捷、王文鼎，又宰了贪污的将领陈伦，罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他，并积极准备防御女真人可能的进攻，几个月下来，守备大为牢固了，人心也稳定了下来。

努尔哈赤见此情况，息了趁机攻取沈阳、辽阳的心思，伺机而动。当然，小的骚扰是免不了的。

泰昌元年（1620年）八月，万历皇帝驾崩，朱常洛即位，努尔哈赤趁机进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过由于明军准备充分，贺世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳，这一仗算是打平了。

也因为这个原因，熊廷弼被弹劾。熊大嘴巴自白说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回了尚方宝剑，竭力请朝廷将自己免职罢官。

于是，朝廷用用袁应泰接替了熊廷弼。

天启元年（1620年）十月，袁应泰代熊廷弼经略辽东。

袁应泰斩杀贪将何光先，罢免大将李光荣及以下十余人，决定用兵十八万、大将十人，收复抚顺，并将作战计划向天子奏报。同时，袁应泰在辽东扩大边防，收编蒙古的叛将、叛卒，来投即纳，大将童仲揆、尤世功等以为不可，担心可能间杂着敌方间谍来日为内应，有叵测之祸，袁应泰不听。

天启元年（1621年）三月十二日，不等袁应泰去收复抚顺，女真大军已经来进攻沈阳。总兵官贺世贤、尤世功出城奋战，败北而回。

次日，蒙古降人果然作女真人的内应，使贺世贤、尤世功两员大将战死。总兵官陈策、童仲揆赴援，也阵亡，沈阳失守。

袁应泰令奉集、咸宁各军撤退，全力守辽阳。十九日金兵临辽阳城下，袁应泰亲自督率总兵官侯世禄、李秉成、梁仲善、姜弼、朱万良出城五里迎战，大败而归，伤亡惨重，军心由此离散。

在蒙古叛将的里应外合下，后金军从小西门进城，辽阳城同样不可避免地陷落了。袁应泰也自刎殉国。

袁应泰虽有治理地方之能，但并无领兵之才，在杨镐和他的不懈努力下，将葬送了大明在辽东大好形势，将敢战之师折腾得没剩下几个。

沈阳、辽阳的相继陷落，明军只能退守辽河。

此时，朝廷里大臣们又想起了熊廷弼。

天启元年六月，熊廷弼被任命为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，并提出了广宁、山东、山海关三方布置的策略。

只可惜，此时辽东大权都掌握在刚被提拔起来的辽东巡抚王化贞手中，王化贞为东林党人推崇，把熊廷弼架空，一心征伐女真，建立不世功业。熊廷弼看不起眼高于顶的王化贞，两人政见不合，相互攻伐。最终以广宁惨败，两人双双入狱而告终。（广宁之战前文已有详述，此处不再多说）

辽东的最后一点敢战之士，也被王化贞糟蹋得一干二净。从此，关宁将士，闻野战而心惊。唯一的例外，可能就是孤悬于海外、东江镇的毛文龙部了。

而此时的关辽诸将，也体味到了努尔哈赤存在的好处。只要他们整整一只眼闭一只眼，日子似乎反而比以前过得更惬意。